俱乐部生涯横滨飞翼时期1998年，远藤保仁高中毕业后进入了横滨飞翼足球俱乐部，在1998赛季日本J联赛揭幕战中，远藤首发出场。在联赛第15轮横滨飞翼对阵鹿岛鹿角的比赛中，远藤打入了个人职业生涯的首个进球。1998赛季结束后，横滨飞翼足球俱乐部宣告破产解散，远藤保仁选择离开球队。京都不死鸟时期1999年1月，远藤保仁加盟京都不死鸟足球俱乐部，与三浦知良、朴智星、松井大辅为同期队友。1999赛季，远藤保仁代表京都不死鸟在日本J联赛16场比赛中首发出场打入1粒进球，在联赛杯及天皇杯赛中共出战4场。2000赛季结束后，京都不死鸟足球俱乐部遭遇降级，远藤保仁再度选择离开球队。大阪钢巴时期2001年1月，远藤保仁加盟大阪钢巴足球俱乐部。2001赛季，远藤保仁代表大阪钢巴在日本J联赛29场比赛中首发出场打入4粒进球，在联赛杯及天皇杯赛中共出战7场，打入1粒进球。2002年，西野郎入主大阪钢巴，远藤保仁开始成为球队主力球员。2002赛季，远藤保仁代表大阪钢巴在日本J联赛30场比赛中首发出场打入5粒进球，在联赛杯及天皇杯赛中共出战9场，打入1粒进球。2003年，远藤保仁首次入选日本J联赛年度最佳阵容。2003赛季，远藤保仁代表大阪钢巴在日本J联赛30场比赛中首发出场打入4粒进球，在联赛杯及天皇杯赛中共出战8场，打入0粒进球。2005年12月3日，日本J联赛最后一轮大阪钢巴客场挑战川崎前锋，远藤保仁在比赛第79分钟打入一粒进球，帮助球队最终以4-2的比分战胜对手夺冠。2005赛季，远藤保仁代表大阪钢巴在日本J联赛中出战33场，打入10粒进球，在联赛杯及天皇杯赛中共出战6场。2006年10月，远藤保仁被确诊病毒性感染病毒性肝炎并休战，于同年12月2日的联赛中复出。2006赛季，远藤保仁代表大阪钢巴在日本J联赛25场比赛中首发出场打入9粒进球，在联赛杯及天皇杯赛中共出战4场，打入1粒进球。2007年11月3日，大阪钢巴在日本联赛杯决赛中击败川崎前锋首次获得联赛杯冠军，远藤保仁在比赛中首发出场。2007赛季，远藤保仁代表大阪钢巴在日本J联赛全部34场比赛中首发出场打入8粒进球，在联赛杯及天皇杯赛中共出战12场，打入1粒进球。

2008年6月底远藤再度被确诊感染病毒性肝炎。10月至11月，在亚足联冠军联赛半决赛和决赛的四场比赛中，远藤保仁四次出场打进三球，帮助大阪钢巴成功捧杯。赛后，远藤保仁当选亚足联冠军联赛年度最佳球员并获得亚洲足球先生提名。12月18日，在国际足联俱乐部世界杯半决赛的比赛中，大阪钢巴与来自英格兰足球超级联赛的曼彻斯特联队相遇，远藤保仁在比赛的第85分钟取得了个人在世俱杯比赛上的首粒进球。同年，远藤保仁获选日本年度最佳球员。2009年11月，远藤保仁被亚足联评为亚洲足球先生，成为继三浦知良、井原正巳、中田英寿、小野伸二之后第5名获得该荣誉的日本球员。2009赛季，远藤保仁代表大阪钢巴在日本J联赛中出战32场打入10粒进球。2010年1月1日，天皇杯决赛大阪钢巴对阵名古屋鲸鱼，远藤保仁在比赛中梅开二度，打入两粒进球和完成一次助攻，帮助大阪钢巴卫冕天皇杯冠军。2011赛季，远藤保仁代表大阪钢巴在日本J联赛33场比赛中首发出场，打进4个进球。2012年6月23日，日本J联赛第15轮大阪钢巴对阵札幌冈萨多，远藤保仁第35分钟打入了个人在J联赛中的第17个直接任意球进球，刷新了由三浦淳宏保持J联赛直接任意球进球数记录。7月21日，东日本大震灾复兴赈灾比赛在鹿嶋体育场举行，远藤保仁以320709票的最高得票数入选J联赛选拔队。12月1日，大阪钢巴日本J联赛最后一轮不敌磐田喜悦，位列联赛积分榜第17位，遭遇球队队史上首次降级 。2012赛季，远藤保仁代表大阪钢巴在日本J联赛全部34场比赛中首发出场，打进5个进球。2013年，远藤保仁选择留队参加日本J2联赛，并被任命为球队队长。2013赛季，远藤保仁代表大阪钢巴出战日本J2联赛33场并帮助大阪钢巴夺得联赛冠军和重返J1联赛的升级资格。赛季结束后，远藤保仁获选日本J2联赛年度最佳球员。同年5月，远藤保仁入选日本J联赛编年史最佳阵容。2014年11月8日，日本联赛杯决赛大阪钢巴对阵广岛三箭，远藤保仁在第38分钟助攻队友帕特里克取得进球，最终大阪钢巴以3-2的比分逆转对手夺冠。2014赛季，远藤保仁代表大阪钢巴出战联赛全部34场比赛、联赛杯及天皇杯赛11场比赛，帮助球队夺得包括联赛、联赛杯、天皇杯冠军的三冠王荣誉 。赛季结束后，远藤保仁当选日本J联赛年度最佳球员及日本年度最佳球员。2015年10月17日，远藤保仁在日本J联赛第二阶段第14轮对阵浦和红钻的比赛中首发出场，完成了个人在J联赛的500场联赛出场。12月21日，远藤保仁入选日本J联赛年度最佳阵容，这是远藤自2003年加盟球队以来第12次入选联赛最佳阵容。2016年10月29日，远藤保仁在日本J联赛第二阶段第16轮对阵新潟天鹅的比赛中取得了个人在J联赛的100个进球。2016赛季，远藤保仁代表大阪钢巴在日本J联赛全部34场比赛中首发出场，打进2个进球。2017年4月30日，在日本J联赛第二阶段第9轮大阪钢巴客场挑战横滨水手的比赛中，远藤保仁进入替补名单且没有获得登场机会，这是远藤保仁自1998年4月以来首次在联赛比赛中未能出场。

国家队生涯2010年南非世界杯，远藤保仁用任意球打破丹麦队球门 1999年4月，远藤保仁入选日本U-20代表队，代表球队参加第10届世界青年足球锦标赛并获得亚军。同年6月入选日本U-22代表队2000年悉尼奥运会预选赛大名单。2002年11月，远藤保仁首度入选日本足球国家队。11月20日，远藤保仁在麒麟挑战杯对阵阿根廷的比赛中首次代表国家队替补登场。2003年6月，远藤保仁参加2003年法国联合会杯并在三场比赛中全部首发出战。8月20日，在日本队同尼日利亚队的比赛中，远藤保仁取得个人在国家队中的首粒进球，帮助球队3比0获胜。2004年7月，远藤保仁随队参加2004年中国亚洲杯并夺冠。2006年，远藤入选2006年德国世界杯日本队大名单，但没能获得出场机会。德国世界杯后，远藤从已退役的队友中田英寿手中接过国家队7号球衣。2007年7月，远藤保仁在2007年印马泰越亚洲杯中出场6场取得1个进球。12月，冈田武史就任日本国家队主教练，远藤与队友长谷部诚组成的双后腰组合成为冈田麾下的主力阵容。2010年，远藤保仁入选日本队2010年南非世界杯大名单。日本队对阵丹麦队的比赛中，远藤凭借一脚27米开外任意球直接破门，帮助球队3比1取胜。之后在八分之一决赛日本队对阵巴拉圭队的点球大战中，远藤最先出场并罚入点球，但队友驹野友一的点球罚失，日本队最终止步于16强。本届世界杯远藤共首发出战4场比赛，打入1粒进球。同年10月12日，远藤保仁在日本队对阵韩国队的比赛中首发出场，完成了个人在日本国家队的第100场国际A级比赛出场。2011年1月，日本队夺得2011年卡塔尔亚洲杯冠军，远藤保仁在本届赛事的6场比赛中踢满全场。2012年10月16日，远藤保仁代表日本国家队出战第123场国际A级比赛，刷新了先前由井原正巳所保持的国家队比赛最多出场纪录。2014年，远藤保仁入选日本队2014年巴西世界杯大名单，成为队中唯一一名连续三届世界杯参赛的球员。本届世界杯，远藤保仁两次在下半场替补出场。最终日本队在小组赛中遭遇淘汰。2015年1月，澳大利亚亚洲杯，远藤第4次代表国家队参加亚洲杯比赛，在4场比赛中打入1个进球。亚洲杯结束后，瓦希德·哈利霍季奇接任日本国家队主教练，新的主教练不再将远藤招入国家队阵中。截至2016年12月，远藤保仁的国家队出场数定格在152场，是日本国家队国际A级赛事最多出场纪录保持者。